Kemična struktura L-5-MTHF-Ca je naslednja:

Kot je razvidno, je L-5-MTHF-Ca sestavljen iz treh glavnih komponent: metiliranega tetrahidrofolata, levosučnega izomera in kalcijevega iona. Metilirani tetrahidrofolat je derivat vitamina B9, sestavljen iz p-aminobenzojske kisline z metilno skupino in glutarne kisline, ki se lahko v telesu reducira v tetrahidrofolat in tako sodeluje v celičnih presnovnih procesih. Levo vrtljivi izomer je molekula, katere stereokonfiguracija je po naravi levosučna in se strukturno razlikuje od desnosučnega izomera, vendar imata popolnoma enako kemijsko formulo. Kalcijev ion je pomemben anorganski ion, ki ima različne fiziološke funkcije v telesu, kot sta vzdrževanje zdravja kosti in živčno-mišični prenos.
StrukturaL-5-MTHF-Caji daje dobro biološko uporabnost in bioaktivnost, kar ji omogoča učinkovito sodelovanje v presnovnih procesih v telesu ter preventivno in terapevtsko delovanje pri najrazličnejših boleznih. Posledično se pogosto uporablja v farmaciji in nutracevtikih.
Magnafolatse lahko neposredno absorbira, brez metabolizma, primerno za vse vrste ljudi, vključno z mutacijo gena MTHFR.